印度事务部图书馆是斯坦因收集品的另一个重要的收藏地。它创建于1801年,是英国占领印度后由东印度公司设立的,后归英国印度事务部管理。1947年,印度和巴基斯坦独立后,该馆又归英联邦对外关系部,同时成为对公众开放的专业图书馆。1982年,该馆转归英国图书馆参考部管理,1991年与英国图书馆合并为东方与印度事务收集品部。印度事务部所藏敦煌文献,1914年,斯坦因就邀请比利时佛学家瓦雷·普散(Louisdela Vallée Poussin,1869~1937)为敦煌藏文写卷编目。普散生前编好了765号藏文佛典目录,但直到1962年,他的《印度事务部图书馆藏敦煌藏文写本目录》才由牛津大学出版社出版,这本目录后面,还附有日本学者一雄所编汉文写本目录,著录了136件写在藏文或于阗文背面的汉文文献。由于普散的目录只著录了藏文佛典,非佛教文书则由1903~1927年任印度事务部图书馆馆长的托马斯(Frederick William Thomas,1867~1956)负责整理。于阗文写本主要由剑桥大学的贝利(H. W. Bailey)刊布。
伯希和最初为敦煌文献编号时,在汉文写本前面为藏文写本预留了2000个号码,即敦煌藏文写本(PelliotTibétain),简称P.t.。这些藏文写本由在法国高等实验研究院任教的拉露(Marcelle Lalou,1890~1969)女士完成。拉露分别在1939、1950和1961年,陆续刊出三卷本的《国立图书馆所藏敦煌藏文写本注记目录》,按编号顺序著录藏文写本,其中第一卷收P. t. 1~849号,第二卷收P. t. 850~1282号,第三卷收P. t. 1283~2216号。此外,还有大量的《无量寿宗要经》和《十万颂般若经》写本,拉露认为重复太多而未编目,计有P. t. 2217~2224和P. t. 3500~4500号。伯希和汉文写本(Pelliot Chinois),简称P. ch或P.,编号分别为2001~4099,4500~5043,5522~6038,其中缺号的部分,是留给藏文或其他民族文字材料的,有的后来没有使用,成为空号,即P. 4100~4499,5044~5521号。
鄂登堡考察队所获敦煌汉文文书,首先由亚洲博物馆写本特藏部保管员弗路格(K. K. Flug,1893~1942)从事整理工作,1942年弗路格去世前完成了Ф. 编号的307件和Дx编号的2000件写本的目录。Ф.编号366个号码,是经弗路格(Флук)整理的较完整的写卷,故以其姓字头表示。Дx是俄文“敦煌”的缩写,大多数写本都以此为馆藏编号。弗路格去世后,编目工作中断,俄藏敦煌文献的情况也随之销声匿迹。1957年中国学者郑振铎先生在苏联访问期间,曾看过部分敦煌文献,并写信告诉国内的徐森玉先生,由于这封信直到1986年才公开发表,所以此前世人对此情况并不知晓。